Contexte et objectifs

Le microbiote intestinal est reconnu comme un acteur central dans la régulation de la santé physique, métabolique et mentale des mammifères. Chez le cheval, bien que des études aient exploré les effets de l’alimentation ou de l’exercice sur la composition microbienne intestinale, peu de travaux ont intégré simultanément des variables environnementales, physiologiques et comportementales dans une approche longitudinale. Cette étude vise à combler cette lacune en analysant les interactions entre le microbiote fécal, les conditions d’équitation, les paramètres hématologiques et les comportements indicateurs de bien-être chez 185 chevaux athlètes suivis sur huit mois.

Méthodologie

Les chevaux, hébergés dans une même école nationale d’équitation en France, ont été soumis à deux campagnes de prélèvements (T1 et T2, espacées de huit mois). Des échantillons fécaux ont été analysés par séquençage haut débit de la région V3–V4 du gène 16S rRNA. En parallèle, 41 variables environnementales et individuelles ont été mesurées, incluant :

• Discipline et spécialité équestre

• Type de litière

• Données alimentaires

• Comportements stéréotypés (cribbing, weaving, agressivité, hypervigilance)

• Paramètres hématologiques (MCHC, RWR, etc.)

• pH fécal et charges microbiennes (bactéries, protozoaires, champignons)

Résultats principaux

1. Structure et dynamique du microbiote

• Variabilité interindividuelle élevée : La composition microbienne différait davantage entre individus qu’au sein d’un même individu dans le temps, notamment pour les bactéries rares.

• Noyau microbien stable : Un ensemble de 29 genres bactériens, majoritairement issus du phylum Firmicutes, constituait le « core microbiota », présent dans 99 % des échantillons.

• Dynamique temporelle : Une dérive significative de la composition microbienne a été observée entre T1 et T2, avec une augmentation de la diversité alpha (Chao1, Fisher) et une surreprésentation de certains genres rares (e.g., Anaeroplasma, Enterococcus, Erysipelotrichaceae).

2. Facteurs influençant la composition microbienne

L’analyse multivariée a révélé que six variables expliquaient ensemble 32 % de la variance de la diversité bêta :

• Spécialité équestre (6,5 %)

• Discipline (5,8 %)

• Type de litière (5,2 %)

• Hypervigilance (4,9 %)

• MCHC (6 %)

• Ratio érythrocytes/leucocytes (RWR) (5,7 %)

Les chevaux engagés dans des spécialités à forte intensité physique et mentale (Gala, Cadre Noir) présentaient des microbiotes plus homogènes entre eux, suggérant un effet structurant du stress chronique.

3. Comportements et microbiote

Des corrélations significatives ont été établies entre certains comportements indicateurs de mal-être et la composition microbienne :

• Stéréotypies orales : associées à une surabondance de Roseburia, Acinetobacter, Desulfurispora, Helicobacter.

• Agressivité : corrélée à Streptococcus et Butyrivibrio, et inversement à Anaeroplasma.

• Hypervigilance : tendance à être associée à Denitrobacterium et Dehalobacterium.

• Retrait de l’environnement : lié à Diplorickettsia, Anaerorhabdus, Novosphingobium.

Ces associations renforcent l’hypothèse d’un axe microbiote–intestin–cerveau fonctionnel chez le cheval.

4. Microbiabilité des traits

Le concept de microbiabilité (m²), analogue à l’héritabilité génétique, a permis d’estimer la part de variance phénotypique expliquée par le microbiote :

• Comportements :

  • Stéréotypies orales : 24,2 %

  • Stéréotypies locomotrices : 16,2 %

  • Agressivité : 13 %

  • Hypervigilance : 9 %

• Paramètres hématologiques :

  • Eosinophiles : 32,1 %

  • RWR : 25,7 %

  • Hémoglobine : 21,9 %

Discussion

Les résultats démontrent que, même dans des conditions d’élevage homogènes, le microbiote intestinal des chevaux athlètes est influencé par des facteurs liés à l’intensité de l’entraînement, au stress comportemental et à certains marqueurs physiologiques. Les chevaux soumis à des charges physiques et mentales élevées présentent des altérations microbiennes compatibles avec un état de dysbiose, potentiellement réversible.

L’étude suggère que le microbiote pourrait non seulement refléter l’état de bien-être, mais aussi y contribuer activement via des mécanismes neuroendocriniens et immunitaires. Des bactéries productrices de butyrate (Roseburia) ou de H₂S (Desulfurispora) pourraient jouer un rôle protecteur contre les effets du stress chronique.

Conclusions et perspectives

Cette étude pionnière met en lumière l’importance du microbiote intestinal dans la régulation du bien-être comportemental et physiologique des chevaux athlètes. Elle ouvre des perspectives prometteuses pour :

• Le développement de biomarqueurs microbiens du stress et du bien-être

• L’utilisation de probiotiques ciblés pour améliorer la résilience au stress

• L’intégration du microbiote dans les programmes de sélection et de gestion des chevaux de sport

Source : Priming for welfare: gut microbiota is associated with equitation conditions and behavior in horse athletes | Scientific Reports

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